Το Ίδρυμα Μουσείου Μακεδονικού Αγώνα, συστάθηκε το 1999 από το σωματείο "Οι Φίλοι του Μουσείου του Μακεδονικού Αγώνα". Λειτουργεί στο κέντρο της Θεσσαλονίκης, δίπλα στη Μητρόπολη, στην οδό Προξένου Κορομηλά 23. Σύμφωνα με το καταστατικό του, οι σκοποί του Ιδρύματος είναι αφενός η διατήρηση και διάδοση της μνήμης των αγώνων του Ελληνισμού για την απελευθέρωση της Μακεδονίας -ιδιαίτερα του Μακεδονικού Αγώνα- και αφετέρου η επιστημονική μελέτη της νεότερης ιστορίας και ταυτότητας της Μακεδονίας.

Στο πλαίσιο αυτό το Ίδρυμα λειτουργεί με δύο βραχίονες: